Podczas terapii mogą wystąpić: reakcje alergiczne (świąd, wysypka skórna, pokrzywka, reakcje rzekomoanafilaktyczne, zapalenie naczyń, obrzęk naczynioruchowy), dreszcze, zespół serotoninowy, nadwrażliwość na światło; zaburzenia żołądkowo-jelitowe (biegunka, zaburzenia smaku, niestrawność, brak łaknienia, nudności, wymioty, zaburzenia połykania, suchość błony śluzowej jamy ustnej, rzadko zaburzenia czynności wątroby); zaburzenia ze strony ośrodkowego układu nerwowego (ból i zawroty głowy, zaburzenia snu, anoreksja, zmęczenie, euforia, zaburzenia koordynacji ruchów, drgawki i niepokój psychoruchowy; notowano także omamy, reakcje maniakalne, splątanie, lęk, niepokój, depersonalizację, pobudzenie, nerwowość); objawy ze strony układu moczowo-płciowego (zaburzenia oddawania moczu, mlekotok, opóźnienie lub brak ejakulacji, brak orgazmu) oraz zaburzenia widzenia, pocenie się, bóle stawów i mięśni, gwałtowne spadki ciśnienia krwi, łysienie. Po zaprzestaniu terapii zanotowano przypadki zespołu odstawiennego. W przypadku wystąpienia innych, niewymienionych działań niepożądanych należy poinformować lekarza.
Fluoksetyna może zaburzać zdolność prowadzenia pojazdów i obsługę maszyn. Należy unikać tych czynności do momentu upewnienia się, że zdolność psychoruchowa nie jest upośledzona.